Las principales funciones que realiza la Gestión de la Auditoría Interna son:

Todos los previstos en la Ley General de Control Interno No. 8292, como, por ejemplo:

1. 1. Estudios de Fiscalización.
   2. Atención de Presuntos Hechos irregulares.
   3. Servicios preventivos como lo son: Advertencias, Asesorías al Jerarca y Autorización de Libros.
   4. Seguimiento de recomendaciones.
   5. Informe Anual de Labores.
   6. Labores Administrativas tales como: Plan Estratégico, Procedimientos, Reglamentos, Formulación del Plan Anual de Trabajo, Autoevaluación anual, entre otros.